امام خمینی (ره) وقتی خبر شهادت سید مصطفی خمینی را شنید سه بار گفتند «اِنّا لِلّه وَ اِنّا اِلَیْه راجِعُون». این تنها واکنش امام پس از شنیدن خبر شهادت فرزندشان بود؛ و در پاسخ به به تسلیت دهندگان فرمود: «مصطفی امید آینده اسلام بود.»

مردم شهرستان ورامین با ارتحال جانسوز عارفی مجاهد، معلمی اخلاق‌مدار، پدری شهید و احیاگر مکتب فاطمی، با عالمی که مسجد و منبرش را به سنگر تبدیل کرده بود، وداع گفتند.

مأموران حزب بعث عراق پس از آن که انعطاف‌ناپذیری حاج آقا مصطفی خمینی را دیدند هشدار‌های لازم را به ایشان دادند، اما سرسختی‌های ایشان ادامه یافت تا آن‌جا که وجود این مبارز انقلابی برای رژیم‌های پهلوی و رژیم بعث عراق تحمل‌ناپذیر شد و در صدد شهادت ایشان برآمدند.

پس از دستگیری مصطفی خمینی اعلامیه‌ها، سخنرانی‌ها و درخواست‌های علما از رژیم، برای آزادی ایشان موجب شد سران رژیم به این نتیجه برسند که فرزند امام (ره) را با پای خود و بدون هیچ سروصدا و جنجالی به ترکیه نزد پدرش تبعید کنند و وانمود سازند که وی به میل خود به ترکیه رفته است، نقشه‌ای که با درایت ایشان به نتیجه نرسید.

شهید مصطفی خمینی انقلاب اسلامی را ویژه مرز‌های ایران نمیدانست و بر این باور بود که مرز‌های جغرافیایی نباید مسلمانان را از یکدیگر جدا کند و باید تا هرجا که اسلام هست، برای جویایی از حال مسلمانان پیش رفت؛ دشمن دیگر مسلمانان، دشمن ماست و در گرفتاری‌ها و سختی‌ها وظیفه داریم آنان را کمک کنیم.

یک هنرمند نقاش با تاکید براینکه خون شهدا، پشتوانه امنیت ایران است، گفت: فرقی نمی‌کند این شهید یک دختر سه‌ساله باشد که هیچ دفاعی از خود نداشته و از پشت مورد اصابت گلوله قرار گرفته، یا یک جوان رشید که برای جلوگیری از یک اقدام تروریستی و دفاع از مردم، مقابل فرد مسلح ایستاده و به شهادت رسیده است؛ خون شهید هرگز هدر نخواهد رفت.

نقاشی حسن روح‌الامین با موضوع شهدای عملیات تروریستی آمریکا علیه ملت ایران با عنوان «سایه امنیت» رونمایی شد.

امام خمینی (ره) با طرح تشکیل حکومت اسلامی، از اندیشمندان اسلامی تحقیق و آن را خواستار شد. شهید مصطفی خمینی از جمله کسانی بود که به این درخواست پاسخ مثبت داد، وی معتقد بود: «شعار حکومت اسلامی، شعاری گذرا نیست؛ بلکه شعاری است که قرن‌ها می‌توان برای تحقق آن تلاش کرد.» 

امام خامنه‌ای درباره شخصیت علمی شهید مصطفی خمینی می‌گوید: «بنده ایشان را به عنوان یک چهره برجسته حوزه علمیه قم از سال‌های قبل می‌شناختم. در درس فقه و اصول امام خمینی، ممتاز بود و جسورانه با امام مباحثه و اشکال می‌کرد.» 

شهید مصطفی خمینی با زیارت عاشورا، اُنسی ویژه داشت و آن‌را منشور مقاومت در برابر همه ستمگران تاریخ و درسنامه شهادت می‌دانست.