به گزارش خبرنگار دفاعی امنیتی دفاع پرس، هنوز جنگ به پایان نرسیده بود که زمزمه‌ی ادغام ارتش و سپاه شنیده شد. در آن روزها تلخ کامی‌هایی در جبهه‌ها در حال رقم خوردن بود و منافقین نیز با حمایت رژیم بعث عراق وارد میدان نبرد شده و در قالب عملیات «آفتاب» به فکه حمله کردند. فاو و شلمچه نیز که در عملیات‌های «والفجر8» و «کربلای 5» به تصرف رزمندگان اسلام درآمده بودند، توسط دشمن بازپس گرفته شد.
در آن زمان نیروها نیاز به اتحاد و انسجام داشتند اما این زمزمه‌ها می‌توانست شکست‌هایی دیگری را در پی داشته باشد. از این رو است که جانشین نماینده رهبری در سپاه به یکی از افرادی که مطرح کننده بحث ادغام بود، گفت: «هم سران سپاه و هم سران ارتش نگران آینده‌ی خودشانند و نیاز به توضیح بیشتری دارند.» اما امام موافق ادغام ارتش و سپاه نبود.
آیت الله خامنه‌ای می‌‌فرماید: «امام معتقد بود ارتش و سپاه دو بازوی انقلابند و باید بمانند. وقتی همین مساله سپاه و ارتش مطرح بود ایشان دو بازوی مبارکشان را بلند کردند و گفتند هر دو، دو بازوی جمهوری اسلامی هستند و باید باشند.»
با وجود مخالفت امام خمینی(ره)، اما این زمزمه‌ها همچنان ادامه داشت و تا بعد از پایان جنگ و رحلت امام، برخی همچنان از ادغام ارتش و سپاه سخن می‌گفتند.
اما سوال این است که ادغام سپاه و ارتش چه تفاوتی با دو ادغام دیگر دارد. به عقیده رهبر معظم انقلاب اسلامی ارتش و سپاه 2 نیروی موازی نیستند که ادغام بشوند. ماموریت‌های این نیروها متفاوت است.
سرلشکر صفوی می‌گوید: «پس از دستور رهبری برای پایان جلساتی که ادغام ارتش و سپاه را پیگیری می‌کرد، دستور مجددی هم دادند که ستادکل تفکیک ماموریت‌های ارتش و سپاه را بحث کند. محمد فروزنده، جانشین ستادکل نیروهای مسلح بود. جلسات زیادی برگزار شد. بعد از هر جلسه آقای فروزنده جمع‌بندی جلسه را خدمت مقام معظم رهبری می‌برد و آقا هم نظرشان را می‌دادند. اگر قبول داشتند تایید می‌کردند یا رد می‌کردند.»
رهبری معتقد بود هر دو سازمان باید بنشینند و حدود و مرزهای دقیق این ماموریت‌ها را طبق تدبیری که داده می‌شود، معین بکنند و برطبق آن هر سازمانی خودش را منطبق نماید.
در روزهای پایانی سال 1368 رهبر معظم انقلاب اسلامی فرمودند: «امروز وسوسه‌ها در مورد ارتش و سپاه تمام شده است. نمی‌گویم به کلی تمام شده اما وسوسه‌ای که گیرا باشد دیگر وجود ندارد. چون از طرف مسئولان، حرف کامل و قاطع زده شده و حتی خطوط ریز آن تقریبا معین شده است. ما کمیته و هیاتی را مامور کردیم که نشستند و تقریبا خطوط ریز را بین ارتش و سپاه بحث کردند و مورد تبادل نظر قرار دادند و ما تقریبا و به تدریج به نقاط نهایی نزدیک شده‌ایم و می‌شویم. از نظر من تقریبا اصول و کلیات روشن است ولی در مورد جزئیات گفتم آقایان بنشینند و جزئیات را بحث و بررسی کنند و راه حل پیدا نمایند. در این زمینه‌ها هیچ گونه ابهامی وجود ندارد و نباید وسوسه‌ای باشد. اگر از کسانی که در ارتش و سپاه هستند – به خصوص کسانی که در رده‌های نسبتا بالای این دو نیرو هستند- شنیده شود، قطعا قابل قبول نیست. اگر کسی بگوید من امنیت شغلی ندارم، باید اشکال را در خودش جستجو کند. باید دید در درونش چیست که احساس امنیت نمی‌کند. اگر کسی بگوید من آینده‌ی سازمان خود را نمی‌دانم، باید دید ایراد در ذات او چیست، او را باید پیدا کرد؛ والا آینده کاملا واضح و روشن است.»
سرلشکر محمدعلی جعفری فرمانده کنونی کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در خصوص ماهیت سازمان سپاه می‌گوید: رهبر معظم انقلاب ماهیت سازمانی سپاه را که تا پیش از آن به طور کامل مشخص نشده بود نظامی تعیین کردند.
پس از برگزاری جلسات بسیار ماموریت‌های سپاه و ارتش مشخص شد. در حوزه دریا خلیج فارس به سپاه و دریای عمان و دریای خزر به ارتش سپرده شد.
امنیت شهر تهران نیز به سپاه واگذار شد؛ از این رو دیده می‌شود که سپاه پاسداران، سپاهی را با عنوان سپاه محمد رسول الله و قرارگاه ثارالله با این هدف ایجاد کرده است و در جریان آشوب‌ها و ناامنی‌ها در تهران به برقراری امنیت می‌پردازد.
حفاظت از محدوده هوایی و پدافند هوایی نیز به ارتش سپرده شد که تا سال 1387 پدافند هوایی زیرنظر نیروی هوایی بود که با دستور رهبر معظم انقلاب اسلامی این بخش از نیروی هوایی منفک و به نیروی جداگانه در ارتش تبدیل شد تا نیروهای ارتش به عدد 4 افزایش یابد.
ماموریت حفاظت از مرزها نیز بین ارتش، سپاه و مرزبانی تقسیم شد.
همچنین در سال 1388 با افزودن بخش موشکی به نیروی هوایی سپاه، این نیرو به نیروی هوافضای سپاه تغییر یافت.
رهبری در خصوص سپاه و بسیج معتقد بود، سپاه باید نیرویی چابک باشد اما در مواقع لزوم بتواند به سرعت گسترش یابد و بسیج این قابلیت را به سپاه می‌دهد که بتواند به سه برابر خود تبدیل شود. یعنی اگر ما مثلا امروز 15 لشکر سپاهی داریم باید این انعطاف و قدرت و توانایی سازمانی در او باشد که در وقت لازم، هر یک گروهان سپاه به یک گردان تبدیل شود. به عبارت دیگر، 15 لشکر در آن واحد به 45 لشکر تبدیل بشود. سپاه بایستی این قدرت انعطاف و تبدیل را داشته باشد و از نیروهای بسیج سرشار و پر بشود تا بتواند کارش را انجام بدهد. این برای روزهای استثنایی و بسیج است. اما در حال عادی همان بنیه‌ی نیرومند –اما نه چندان گسترده- با سازماندهی بسیار قوی و دارای انعطاف لازم است.
چند سال بعد و در شهریور 1377 به دستور رهبری، فرماندهی کل ارتش نیز تاسیس شد.
