، پنج سال پس از واقعه جانسوز کربلا و در چهاردهم ربیع‌الثانی سال 66 هجری قیام مختار آغاز شد. مختار بنا داشت قیام خود را در نیمه ربیع‌الثانی سال 66 هجری آغاز کند، اما ابراهیم شب قبل آن با «ایاس بن مضارب» رئیس پلیس شهر کوفه درگیر شد (به دلیل اعلام حکومت نظامی) و او را کشت. همین امر سبب شد قیام یک روز جلوتر بیفتد.
در میان همه قیام‌هایی که بعد کربلا انجام شد، قیام مختار بیشتر به نگاه و اندیشه اهل‌بیت نزدیک بود، گرچه توابین هم نیت پاکی داشتند ولی به نتیجه نرسیدند اما مختار توانست انتقام شهدای کربلا را بگیرد.
مختار هنگام قیام عاشورا به دلیل همکاری با مسلم‌بن عقیل و سکونت‌دادن وی، در زندان به سر می‌برد و امکان یاری‌رساندن به سیدالشهدا(ع) را نداشت. وی یک بار دیگر پس از خروج توابین از شهر توسط حاکم زبیری کوفه زندانی شد، اما پس از مدتی با شفاعت عبدالله‌بن عمر آزاد شد.
مختار پس از آزادی به صورت پنهانی مشغول آماده‌کردن مقدمات قیام شد و از بازماندگان توابین خواست آماده باشند. او آنان را به کتاب خدا، سنت رسول، انتقام خون اهل بیت، دفاع از ضعفا و جهاد با کسانی که حرام اسلام را حلال کرده‌اند، دعوت می‌کرد. مختار شیعیان را در محل‌های خاصی گرد هم می‌آورد و خود را به عنوان نماینده محمد بن حنفیه مطرح می‌ساخت.
گروهی از شیعیان نزد محمد بن حنیفه (از فرزندان امام علی(ع) و برادر ناتنی امام حسین) در مدینه رفتند و از او در این باره پرسیدند. وی به صورت سر بسته و مبهم از مختار حمایت کرد، یعنی گفت: من دوست دارم تا خدا به دست هر کسی که خود از بندگانش می‌خواهد، انتقام ما را بگیرد. این سخنان به صورت حمایت رسمی محمد بن حنفیه از مختار در میان شیعیان منتشر و موجب شد تا شیعیان زیادی به وی بپیوندند که از جمله آنان «ابراهیم» فرزند مالک‌اشتر نخعی بود.
چگونگی شهادت مختارکوفه در جریان نهضت توابین، تحت سلطه حکومت عبدالله بن زبیر بود، به این جهت و به دلیل دشمنی وی با اهل بیت (ع)، جنایتکارانی که به دستور ابن زیاد، حادثه خونین کربلا را پدید آوردند، مشکلی نداشتند.
همچنین آنان از نهضت توّابین به رهبری سلیمان بن صُرد نیز احتمالاً احساس خطر جدی نمی‌کردند؛ زیرا هدف اولیه آنها، براندازی حکومت شام بود و می‌دانستند که به این هدف نخواهند رسید؛ اما از حضور مختار در کوفه، جداً احساس خطر می‌کردند.
به همین جهت، پس از خروج سلیمان بن صرد و یارانش از کوفه، سران سپاه ابن زیاد (مانند: عمر بن سعد و شَبَث بن رِبعی) که قدرت رهبری و فرماندهی مختار، آگاه بودند و هدف او را قیام می‌دانستند، نزد عبدالله بن یزید، کارگزار ابن زبیر در کوفه، آمدند و گفتند: «مختار بر شما، سختگیرتر از سلیمان بن صرد است، سلیمان، خروج کرد تا با دشمنان شما بجنگد و آنها را در برابر‌تان رام و آرام کند؛ ولی از شهرهای شما بیرون رفت؛ اما مختار قصد دارد که در شهر شما، به شما بتازد. پس به سوی او حرکت کنید و او را در آهن ببندید و در زندان، حبس کنید تا کار مردم، راست و درست شود». (تاریخ الطبری، جلذ 5، صفحه 580)
با این توطئه، مختار، بازداشت شد؛ اما وی در زندان نیز به فعالیت خود، ادامه داد و هنگامی که اطلاع یافت که سپاه سلیمان بن صرد شکست خورده و باقی مانده سپاه وی به کوفه بازگشته‌اند، درنامه‌ای محرمانه سران آنها را به همکاری دعوت کرد.
چندی نگذشت که مختار با میانجی‌گری عبدالله بن عمر -که شوهر خواهرش بود- از زندان آزاد شد و هوادارانش را سازماندهی و آماده نبرد کرد.
شب دوازدهم ربیع اول سال 66، قیام مختار با حرکت گروهی مسلح به فرماندهی ابراهیم بن مالک اشتر به سوی خانه مختار آغاز شد. کوفه در حکومت نظامی به سر می‌بُرد. نظامیان راه را بر ابراهیم و همراهان وی بستند؛ اما آنها فرمانده نظامیان را کشتند و نیروهای تحت فرماندهی وی را فراری دادند.
مختار، در همان شب، رسماً فرمان قیام عمومی را صادر کرد و نیروهای وی با شعار «یا لَثارات الحسین» (ای خون‌خواهانِ حسین) با نیروهای دشمن، درگیر شدند. درگیری‌ها ادامه داشت تا این که در ربیع الثانی سال 66، آخرین سنگرهای دشمن سقوط کرد و شهر کوفه به طور کامل به تصرف هواداران مختار در آمد.
مختار، پس از مسلط شدن بر اوضاع، درصدد جست‌وجوی جنایتکاران کربلا برآمد و بسیاری از آنها را دستگیر کرد و کشت؛ اما فرمانده مستقیم عملیات کربلا، یعنی ابن زیاد، هنوز زنده بود. او با سپاهی که شمار آنها به 80 هزار نفر می‌رسید، از سوی عبدالملک بن مروان، مأموریت داشت که قیام مختار را سرکوب کند.
سپاه مختار به فرماندهی ابراهیم بن مالک اشتر، در ذی‌الحجه سال 66، به سوی لشکر ابن زیاد -که به مرزهای شمال غربی عراق نفوذ کرده بودند- حرکت کردند.
نبرد سنگینی میان دو لشکر در گرفت و در عاشورای سال 67 قمری، سپاه شام، شکست خورد و ابن زیاد به هلاکت رسید.
بر پایه برخی گزارش‌ها، مختار سرِ ابن زیاد را برای امام زین‌العابدین (ع) فرستاد. ایشان مشغول خوردن غذا بود که فرستاده مختار، سر ابن زیاد را نزد ایشان آورد.
هنگامی که ایشان، سر ابن زیاد را دید، سجده شکر گزارد و فرمود: «الحَمدُلله الَّذی أدرکَ لی ثَأری مِن عَدُوّی، وَ جزَی اللهُ المُختارَ خَیراً. أُدخِلتُ علی عُبیدِاللهِ بنِ زیادٍ و هُوَ یَتَغدّی و رَأسُ أبی بَینَ یَدَیه، فَقُلتُ: اللهُمَّ لا تْمِتنی حَتّی تْرِیَنی رَأسَ ابنِ زیادٍ».
ستایش، خدایی را که انتقام خون مرا از دشمنم گرفت! خداوند به مختار، پاداش خیر دهد! بر عبیدالله بن زیاد وارد شدم، در حالی که غذا می‌خورد و سر پدرم در برابرش بود. گفتم خداوندا! مرا نمیران تا زمانی که سر عبیدالله را به من، نشان دهی.
از امام صادق (ع) روایت شده که فرمود: «مَا اکتَحَلَت هاشِمِیَّةٌ وَلا اختَضَبَت، ولا رُئِیَ فی دارِ هاشِمِیٍّ دُخانٌ خَمسَ حِجَجٍ، حَتّی قُتِلَ عُبیدُاللهِ زِیادٍ -لَعَنَة اللهُ-»؛ هیچ زن هاشمی‌ای خضاب نکرد و سرمه نکشید و به مدت 5 سال، در خانه هیچ هاشمی‌ای، دودی دیده نشد (غذایی پخته نشد)، تا این که عبیدالله بن زیاد - که لعنت خدا بر او باد - کشته شد.
فرارایان کوفه، به استاندار بصره «مُصعَب بن زبیر» پناهنده شدند و او را به نبرد با مختار تحریک کردند. مُصعَب نیز آماده نبرد شد و دو سپاه در برابر هم قرار گرفتند؛ اما این بار، مختار، شکست سختی خورد و در دارالحکومه، تحت محاصره دشمن درآمد و در ادامه نبرد، کشته شد و باقیمانده یارانش نیز تسلیم شدند.
برپایه گزارش طبری، کشته شدن مختار، در چهاردهم رمضان سال 67 و در 67 سالگی او اتفاق افتاد. پس از شکست مختار، یارانش نیز تسلیم شدند؛ اما جمعی از بزرگان کوفه (از جمله عبدالرحمان بن محمد بن اشعث) با اصرار، مُصعَب بن زبیر را وادار کردند که دستور دهد همه آنان را - که به 6000 نفر می‌رسیدند - بکشند.
ماجرای کشف مزار مختارپس از شهادت مختار توسط مصعب بن الزبیر، پیکر او در دیوار دارالاماره مدفون شد. این قبر مخفی ماند تا اینکه آیت‌الله العظمی سید مهدی بحرالعلوم حدود 230 سال پیش، در جست‌وجو برای یافتن بقایا و محراب مسجد کوفه برآمد.
با توجه به اینکه مسجد کوفه در آن زمان پایین‌تر از زمین‌های اطراف بود و امکان جاری‌شدن آب‌های سطحی در آن وجود داشت، ایشان تشخیص داد مسجد کوفه با خاک پاک پر و همسطح زمین‌های مجاور شود.
پیرو دستور آیت‌الله بحرالعلوم و هنگام عملیات همسطح‌سازی، قبری پنهان شده در انتهای راهرو در زیرزمین و به طرف خارج مسجد به سمت دارالاماره پیدا شد که سنگ قبر آن به نام «مختار ثقفی» منقوش بود.
پس از یافتن قبر، «محسن الحاج عبود شلاش» ساختن حرم جدید و بزرگی برای مختار را بر عهده گرفت و آن را به رواق حرم حضرت مسلم از سمت جنوب ملحق کرد و برای قبر پنجره‌ای آهنین قرار داد و درب راهرو را که در حجره‌ای در کنج مسجد کوفه قرار داشت، مسدود کرد.
