پس از تولد، همراه با خانواده به نجف اشرف هجرت کرد. پدرش «سید حیدر» از علمای نجف بود. در سن هفت سالگی پدرش را از دست داد و با وفات پدرش دوباره به افغانستان بازگشت.
در سن 15 سالگی به ایران مهاجرت کرد و برای ادامه‌ی تحصیل به حوزه علمیه پا گذاشت. شهید والامقام «سید حسین حسینی»، مشغول به تحصیل بود تا اینکه جنگ تحمیلی عراق علیه ایران شروع شد، برای او همانند هزاران شهید افغانستانی دفاع مقدس، اسلام مرز نداشت، لذا بلافاصله راهی جبهه‌های نبرد حق علیه باطل شد و چندین ماه افتخار حضور در کنار رزمندگان دفاع مقدس را داشت.
سید حسین در مشهد ازدواج کرد و شغل خیاطی را پیشه‌ی خود کرد.
این شهید عالی‌قدر به هنگام شروع جنگ با طالبان از طریق سپاه حضرت محمد (ص) که متشکل از مجاهدین افغانستانی بود راهی افغانستان شد و تقریبا هفت سال در جنگ علیه طالبان شرکت داشت و سپس به ایران بازگشت.
تا اینکه سال 1392 زمزمه‌هایی از جنگ و نا آرامی در سوریه به گوش می‌رسید، لذا با همرزمانشان در سپاه حضرت محمد (ص) جلساتی را مخفیانه برگزار کرد تا اینکه تصمیم بر آن شد تا به سوریه عزیمت کنند.
او در 22 اردیبهشت ماه 1392 به همراه 20 نفر از مجاهدین افغانستانی برای دفاع از حرم آل الله برای اولین بار عازم سوریه شد. در مدت حضورش در سوریه یک‌بار برای مرخصی به ایران مراجعت کرد، اما برای بار دوم که به ایران برگشت، دیگر کسی صدای سید حسین را نشنید.
شهید حسینی که رزمندگان او را پدر فاطمیون خطاب می‌کردند، از اولین شهدای لشکر غیور فاطمیون بود. او دست راست شهید علیرضا توسلی (ابوحامد) بنیان‌گذار و فرمانده لشکر فاطمیون بود که مسئولیت حفاظت اطلاعات فاطمیون را برعهده داشت.
سردار شهید سید حسین حسینی در 30 مردادماه 1392 در منطقه «غوطه شرقی» واقع در دمشق که بعدها مشخص شد همان محل عبور کاروان اسرای کربلا بوده است، به مقام اعلای شهادت نائل آمد و مهمان عمه‌اش زینب کبری (س) شد.
از بزرگی این سلاله حضرت زهرا (س) همین بس که در شهادتش، سردار ابوحامد گفت: «کمرم شکست». پس از شهادت این فرمانده دلاور جبهه مقاومت، سردار شهید توسلی، شهید فاتح را به عنوان جانشین خود برمی‌گزید.
نحوه شهادت شهید سید حسین حسینی
شهید کلانی روحانی لشکر فاطمیون و شهید سید حسین حسینی مسئول حفاظت اطلاعات لشکر جزو اولین شهدای این لشکر بودند. این دو شهید زمان مرخصی‌شان که رسیده بود، لباس شخصی پوشیده و با بچه‌ها خداحافظی کرده بودند ولی پروازشان لغو می‌شود.
این دو مجاهد فاطمیون بجای اینکه بروند زیارت و در عقبه بمانند، دوباره لباس رزم پوشیدند و برگشتند که بر اثر اصابت خمپاره دو نفرشان تکه تکه شدن و بچه‌ها با حالت بسیار غریبی پاره‌های پیکر مطهرشان را جمع کردند.
