قسمتی از پیام مقام معظم رهبری در پی ارتحال آیت الله مشکینی: این روحانی عالیقدر از جمله ی شخصیت های نادری بود که در سراسر عمر با برکت و در مراحل گوناگون زندگی نورانی خویش منشأ برکات فراوان برای حوزه ی علمیه و مردم مؤمن و اسوه ی اخلاقی و عملی برای شاگردان و ارادتمندان خود بود.