تداخل فعالیت‌های جهاد سازندگی با سایر وزارتخانه‌ها همزمان با گسترش آن، ملموس‌تر شد و در نهایت دولت تصمیم گرفت این نهاد، با شرح وظایف مشخص و تفکیک وظایفش با سایر وزارتخانه‌ها به صورت یک وزارتخانه به فعالیت خود ادامه دهد.