مشارکت گسترده جهاد دانشگاهی در دوران دفاع مقدس، منجر به اجرای تعداد زیادی پروژه بزرگ و کوچک نظامی شد که از جمله آن‌ها می‌توان به راه‌اندازی مجدد خط تولید موشک کاتیوشا، بهینه‌سازی و به‌روز کردن سیستم ناوبری هواپیما‌های شکاری اف ۵، اشاره کرد.