پس از اخذ ديپلم متوسطه در سال 1361، به تحصيل در مرکز تربيت معلم پرداخت و پس از اتمام دوره دو ساله دانشسرا به استخدام رسمي آموزش و پرورش درآمد و به عنوان معلم مشغول به کار شد.
او در طول سالهاي جنگ تحميلي چندين بار در جبهه حضور يافت و در صف مقدم دفاع از انقلاب و کشور اسلامي قرار گرفت.
مصطفي بابايي در سال 1366 همزمان با حضور در جبهه در مقطع کارشناسي رشته «الهيات و معارف اسلامي» پذيرفته شد.
در همان سال در عمليات کربلاي 8 از ناحيه سر، کمر و پاها مجروح شد و دچار موج انفجار گرديد.
پس از طي دوره درمان و بهبودي نسبي، مجدداً در سال 1367 عازم مناطق عملياتي شد و در حمله ناجوانمردانه دشمن به همراه عدهاي از همسنگران خود دچار مجروحيت شيميايي گرديد.
او پس از پايان جنگ تحصيلات خود ادامه داد و بعد از اخذ مدرک کارشناسي، در مقطع کارشناسي ارشد رشته فقه و مباني حقوق اسلامي دانشگاه آزاد اسلامي پذيرفته و مشغول به تحصيل گرديد.
وي هم اينک در کسوت دبيري در يکي از مراکز آموزشي در شهرستان قائم شهر مشغول به کار مي باشد.
موضوع پايان نامه تحصيلي اش عبارت است از: «ترجمه و تحقيق در موضوع ربا از کتاب مختلف الشيعه علامه حلي» به راهنمايي استاد محمد جعفري هرندي که در سال 1379 و در 120 صفحه به نگارش در آوردهاست.
پايان