حضرت آیتالله خامنهای به جایگاه تاثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام (ره) در سال 42 اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام الله علیها و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانهای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند.
رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال 1356 را نیز، زمینه ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام (ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیتالله خامنهای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سید مصطفی خمینی و ساده زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی (ره) بود اما ذرهای از نشانههای آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی بهشدت علاقمند و عاشق امام بود و کوچکترین تعرض به شخصیت امام را بر نمیتابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجتالاسلام والمسلمین رشاد رییس شورای سیاستگذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیتالله حاج سیدمصطفی خمینی و آقای حمید انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامههای کنگره بزرگداشت مرحوم آیتالله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجامشده بیان کردند.