به گزارش خبرنگار حماسه و جهاد دفاع پرس، اکبر آقابابایی در بهمن ماه سال 1357 در کمیته دفاع شهری اصفهان فعالیت خود را آغاز کرد. چندی بعد به عنوان مربی تاکتیک و سلاح در سپاه پاسداران اصفهان مشغول به کار شد و با آغاز غائله کردستان، مسئولیت عملیات سپاه سنندج را بر عهده گرفت.
در سال 1362 به سمت فرماندهی عملیات ناحیه شمال غرب و کردستان منصوب شد و بعد از مدتی به علت توانائی و کاردانیاش فرماندهی تیپ 18 الغدیر را پذیرفت.
او در طول سالهای دفاع مقدس در عملیاتهای متعددی شرکت کرد و چندین مرتبه مجروح شد، اما عملیات کربلای5، برگ زرینی از رشادتهای او در دوران دفاع مقدس بود.
بمباران شیمیایی دشمن بعثی در این عملیات، برای همیشه آن سردار رشید سپاه اسلام را به بستر بیماری انداخت. جانباز سرافراز اکبر آقابابایی، سرانجام پس از سالها صبوری در تحمل درد و رنج حاصل از مجروحیت شیمیاییاش در سحرگاه پنجم شهریور ماه 1375 در حالی که فرازهایی از زیارت عاشورا را زمزمه میکرد، هنگام دمیدن سپیده سحر همراه قافله صبح به آسمان پر کشید و به فیض شهادت رسید.
در بخشی از وصیتنامه سردار سرتیپ پاسدار شهید حاج اکبر آقابابائی آمده است:
اینجانب اکبر آقابابائی فرزند حسینعلی به خانواده و دوستان عزیزم سفارش میکنم دست از اسلام عزیز برنداشته و اسلام عزیز را که سالها در غربت بوده یاری کنند و از ولایت تا پای جان دفاع نمایند و بدانند که اسلام بدون ولایت یعنی اسلام بدون علی در هر زمان، عزیزانم بدانید که دفاع از ولایت فقیه و مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنهای دفاع از علی (ع) و فرزندان اوست و این محقق نمی شود جز با تلاشی صادقانه در اجرای اوامر بر حق ایشان، عزیزانـم بدانید که دشمنان قسم خورده انقلاب وقتی مایوس میشوند که بدانند شما مردانه در پشت سر رهبر و قائد خود ایستادهاید و از او پیروی میکنید.
عزیزانم بدانید دشمنان اسلام با بهرهگیری از زر و زور در پی آنند که شما را از گذشته درخشان خود مایوس سازند و شما را به سمت دنیای پر از نیرنگ خود کشانده و از مسیر حق جدا سازند و برده خود نمایند به همین جهت است که شما باید کاملا هوشیار باشید و فریب دنیای آنها را نخورید و بدانید که همه دنیا فانی است و آنچه باقی میماند اعمال نیک و کارهای ثواب شماست.
مجاهدین و رزمندگان عزیز که سالهای جنگ را در رکاب رهبر و پیشوای خود حضرت امام خمینی کبیر مجاهدت نمودید، بدانید که شیطان از هر سو در کمین است، تا ما را منحرف نماید، بنابراین مراقب باشید و جهاد در راه خداوند را در هر زمان و مکان فراموش نفرموده شهادت را در آغوش کشید و این انقلاب را به دست صاحب اصلی اش امام زمان (عج) بسپارید.
در پایان از همه عزیزان و از رهبر عزیزم طلب بخشش دارم، امیدوارم از خطاهای این حقیر درگذرید.