به گزارش خبرگزاری دفاع مقدس، در روز بیست و چهارم مهرماه 1359 نیروهای بعثی با اتکا به مناطق از پیش تصرف شده، تا خیابان چهل متری پیشروی نمودند و محاصره ی خرمشهر با این اقدام آنان کامل شد. در این روز، درگیریهای بسیار خونینی رخ داد. به گونه ای که نبرد با دشمن به جنگ خانه به خانه مبدل شد.
هر لحظه از تعداد نیروهای خودی کاسته می شد و آرام آرام شهر به دست قوای متجاوز بعثی می افتاد. عرصه آنچنان بر رزمندگان ایرانی تنگ شد که یک هفته ی بعد، علی شمخانی فرمانده وقت سپاه استان خوزستان در نامه ای خطاب به مسئولین کشور نوشت که از صد و پنجاه پاسدار خرمشهر بیش از سی تن باقی نمانده اند. بسیاری از رزم آوران دلیر خرمشهر دو هفته ی پیش، در ماجرای مدرسه ی سپاه به شهادت رسیده بودند و اکنون خرمشهر با کمبود نیرو مواجه بود.
بهروز مرادی از رزمندگان سپاه خرمشهر که بعدها در واپسین روزهای جنگ تحمیلی به شهادت رسید درباره مشکلات نبرد در خرمشهر گفته بود: "ما مدام درخواست نیرو می کردیم و هربار جوابهای ناامید کننده تری را می شنیدیم؛ ما شهر را خانه به خانه از دست دشمن در می آوردیم؛ وقتی می گفتیم که نیرو بیاورید که شهر دوباره از دست نرود، می گفتند: "نیروهای غیر بومی شهر را بلد نیستند تلف می شوند."
خرمشهری ها و دیگر رزمندگان در شهر حماسه آفریدند و مصداق پیروزی خون بر شمشیر را به نمایش گذاشتند. وقتی خبر این جانفشانی و محاصره ی کامل خرمشهر به حضرت امام خمینی دادند، ایشان از آن پس خرمشهر را خونین شهر نامیدند و این نام بر این شهر زیبا و مظلوم بود تا لحظه ای که پس از 575 روز بار دیگر به آغوش میهن اسلامیمان بازگشت.
از همان روزهای نخست جنگ تحمیلی شیخ شریف قنوتی، این روحانی آگاه و مبارز وارد جبهه ی خرمشهر شد و نسبت به سازماندهی نیرو، هدایت رزمندگان در خطوط درگیری، پشتیبانی از مدافعان شهر و بالا بردن سطح روحیه ی معنوی نیروهای خودی تلاشهای فراوانی نمود. یارانش می گفتند او را لحظه ای در یک محل ثابت نمی توانستی پیدا کنی؛ مدام از این جبهه به آن جبهه و بین آبادان و خرمشهر برای آوردن مهمات و نیرو به شهر تلاش می کرد.
شیخ شریف برای اولین بار حضور خواهران در منطقه ی جنگی را در خرمشهر رسمیت بخشید. وی با تأکید و تشویق فراوان نسبت به آموزش نظامی خواهران تلاش کرد که آنان روحیه ی خود باوری را در خود به وجود بیاورند تا بتوانند دوشادوش رزمندگان از کیان اسلام و شهر مظلوم خرمشهر با همه ی توان به دفاع بپردازند.
سرانجام در روز بیست و چهارم مهرماه 1359 در خیابان چهل متری به اسارت دشمن درآمد. آنان در عین شقاوت سر از بدن مطهرش جدا نمودند و پایکوبی کردند. بعثی ها عمامه ی شیخ را به دور سر بریده اش پیچیدند؛ با دست به دست کردن سرش انواع اهانتها را در حق وی انجام دادند. آنان از خوشحالی می رقصیدند و می گفتند که ما یک خمینی را کشتیم.
آری شیخ شریف قنوتی، این عالم مجاهد و آگاه حقیقتاً آئینه ی تمام نمای حضرت امام خمینی (ره) در خرمشهر بود؛ رزمندگان اسلام همواره گرد شمع وجودش جمع می شدند و همگی آوای ایستادگی در برابر متجاوز سر می دادند.